云居寺始建于唐贞观五年（631），由僧人静琬创建。至辽圣宗时期（公元983—1011年） 形成五大院落、六进殿宇，金、元、明、清各代都有修葺。1942年遭到日本侵略军轰炸毁环。

20世纪50年代末，利用三年时间对石经进行发掘整理，并组织专家对房山石经进行研究。出版了《房山石经影印本》和《房山石经题纪汇编》等一批研究著作。
1974年房山区政府建立云居寺文管所，1988年扩编成云居寺文物管理处，为全民所有制事业单位。
云居寺
1987年10月，云居寺作为社会历史类专题遗址博物馆对国内外游人开放。
1995年12月正式注册登记为云居寺石经陈列馆。 
2019年9月9日，“中华文化奇迹——北京房山云居寺历史文化展”在故宫太和门东侧崇楼开幕。  
主要景观
塔
寺的南北有两座辽塔对峙，南塔又称藏经塔，地下有藏经穴，塔已
无存。北塔是辽代砖砌舍利塔，又称“罗汉塔”，始建于辽代天庆年间（1111～1120年），高30多米，塔身集楼阁式、覆钵式和金刚宝座三种形式为一体，造型极为特殊。塔的下部为八角形须弥座，上面建楼阁式砖塔两层，再上置覆钵和“十三天”塔刹。这种造型的辽塔，十分少见。  
塔的四面各建有一座三米多高的小唐塔，为唐景云二年（公元711年）至开元十五年（公元727年）间所建。五塔形成一个整体，为中国金刚宝座塔（五塔）的早期实例。寺内及周围山上还有唐、辽、明各代建造的砖、石塔十余座，其中以石刻大藏经创始人静琬的墓塔——琬公塔和为纪念唐代金仙公主捐助刻经事业而建的金仙公主塔最为著名。
四座唐塔都有明确的纪年，塔的平面呈正方形，七层，分单檐和密檐式两种，而造型大致相同。塔身上雕刻着各种佛像，其中唐开元十五年（727年）所建的石塔，内壁雕刻有一个供养人，此人深目高鼻，推断应为外国人形象，这与当时唐代与中西亚交流广泛、大量任用外族为官有直接关系。雕刻的服饰十分华丽，线条细腻流畅，反映了盛唐中外文化交流的繁盛景象。  
藏经
纸经藏22000多卷，为明代刻印本和手抄本，包括明南藏、明北藏和单刻佛经等。而其中的《大方广佛华严经》为妙莲寺比丘祖慧刺破舌尖血写成，被誉为“舌血真经”，尤为珍贵。
《龙藏》木经始刻于清朝雍正十一年（1733年）至乾隆三年（1738年），存77000多块，内容极为丰富，是集佛教传入中国2000年来译著之大成。堪称我国木板经书之最。世界上现存两部汉文大藏经，一部为云居寺现存的《龙藏》，另一部是韩国海印寺的《高丽藏》。  
石经山海拔450公尺，山腰有9个藏经洞，其中雷音洞为开放式，洞内宽广如殿，四壁镶嵌经板大都是静琬早期所刻。洞中有四根石柱，石柱上雕佛像1056尊，故称千佛柱，九洞共藏经4196块。石经山现存唐塔两座，还有石凿古井、隋唐碑刻等大批历史遗存。为了便于游客上山观光揽胜，云居寺于1999年10月24日开通了全长830米的石经山索道。  
艺术价值
密檐式石塔
房山区云居寺及石经山上的唐代密檐式石塔就属于这种早期的结构形式。矮小的塔基由两层石板相叠而成，很不显眼。塔身全部是用汉白玉建造，为四角形，并在第一层塔身内设佛龛，佛龛内的雕像具有典型的唐代艺术风格，是唐代石雕艺术中的精品，具有很高的文物保护价值和观赏价值。从第二层塔身开始，每层用叠涩法砌出塔檐，在塔顶处安置葫芦形塔刹。  
北方巨刹
云居寺已经成为国内外著名的佛教寺院，著名的宗教活动场所，享有“北方巨刹”的盛誉。
寺特有的幽静地理环境，奇特迷人的秀丽风光，蕴涵着浓郁的佛教文化特色，是藏经纳宝之地、祈福迎祥之所云居。  
佛祖舍利
云居寺不仅藏有佛教三绝与千年古塔，而且珍藏着令世人瞩目的佛祖舍利。舍利（佛教名词）意为尸体或身骨。相传释迦牟尼遗体火化后结成的珠状物。1981年11月27日在雷音洞发掘赤色肉舍利两颗，这是世界上唯一珍藏在洞窟内而不是供奉在塔内的舍利，与中国北京八大处的佛牙、陕西西安法门寺的佛指，并称为“海内三宝”。为千年古刹增添一份祥光瑞气。